神机妙算刘伯温讲述了朱元璋之女玉凤公主早年在战乱中失散的故事。马皇后因痛失爱女悲伤多年，虽然曾派人四处寻找，却始终杳无音讯。如今算来，玉凤已到了二八年华，马皇后每每想起她便惆怅不已，甚至茶饭无心。朱元璋猜测玉凤或许已经不在人世，劝马皇后看开一些，但马皇后始终不愿放弃，相信自己一定能够找回女儿。
玉凤的右肩上有一块形似凤凰的朱砂胎记，十分容易辨认。当初为她取名“玉凤”，也正是因为这个缘故。马皇后深信世上不可能再有第二个人拥有如此独特的胎记。一天，胡惟庸向朱元璋谎称已经探听到公主的消息，但由于从未见过玉凤，无法确定对方是否是真正的公主，于是建议由刘伯温前去辨认。若确认身份无误，便将玉凤迎回朝廷。
刘伯温在玉凤尚在襁褓时便见过她，因此遍寻朝中大臣，也只有他最适合承担此任。奉旨出发后，刘伯温却不知前方正有重重危机等待着他，甚至可能难逃生路。为了让刘伯温途中能够调兵遣将，顺利迎回玉凤公主，朱元璋特意封他为钦差大人，并御赐……
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