16年前，射手座黄金圣斗士艾欧洛斯带着雅典娜的转世、真正的女神逃离圣域，却在途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的拦截，并因此身受重伤。濒临死亡之际，他将女神托付给了恰好在喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政（大杉涟配音）。得知事情真相后，光政将女神带回日本，为她取名沙织，并以孙女的身份将她抚养成人。
在命运的召唤和女神的感召下，星矢（石川界人配音）、紫龙（赤羽根健治配音）、冰河（小野贤章配音）、瞬（冈本信彦配音）等少年历经艰苦训练，陆续回到日本，如今已经成长为能够独当一面的圣斗士。与此同时，奉教皇之命的刺客接连从圣域赶赴日本，一场注定载入史册的正邪大战就此拉开帷幕。
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