小智（松本梨香配音）和伙伴们在海上遭遇猛烈风暴，意外漂流至橘子群岛的亚西亚岛。此时，岛上正准备举办一场盛大的庆典，小智也在机缘巧合下结识了庆典圣女弗卢拉（平松晶子配音）。弗卢拉选中小智担任庆典的“指挥者”，并交给他一项重要任务：前往三圣岛，找回分别隐藏在岛上的三颗玻璃球。只有集齐全部玻璃球，庆典才能正式开始。
小智与伙伴们随即踏上寻找玻璃球的旅程，却先后遭遇了前来捣乱的火箭队和闪电鸟的袭击。危急关头，吉尔露突然出现并捕获了闪电鸟，随后又将目标转向急冻鸟。他真正的目的，是借助三只传说中的神鸟召唤出神兽洛奇亚。然而，吉尔露没有料到，火焰鸟、闪电鸟与急冻鸟之间已经爆发了激烈的战斗。
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