《亚人》描绘了一个存在不死人类的世界。这些人即使遭受致命伤害，也能在短时间内完全复原，因此被称为亚人。普通高中生永井圭（宫野真守 配音）原本过着平凡的生活，却因一场车祸暴露了亚人身份，随即遭到政府相关部门的高价悬赏追捕。在昔日好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，他不得不踏上漫长而无休止的逃亡之路。
逃亡途中，永井圭遇见了另一名亚人佐藤（大冢芳忠 配音）。佐藤正暗中组织亚人团体，并试图将永井圭吸纳其中。然而，敏锐的永井圭逐渐察觉到佐藤深藏不露的真实身份与目的。长期以来，亚人饱受政府迫害，并被用于残酷实验。为了替亚人争取应有的权利，佐藤策划了一连串恐怖袭击。永井圭则选择投靠亚人管理委员会的户崎（樱井孝宏 配音），在他的带领下与强大的佐藤展开对抗。随着双方矛盾不断升级，一场在人类与亚人之间爆发的血腥战争即将拉开序幕。
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