《一个都不能少1999》讲述了水泉小学唯一的老师高老师因家中有事暂时请假，村长只好从邻村找来十三四岁的女孩魏敏芝代课。高老师虽然嫌她年纪太小，但由于找人困难，还是嘱咐她每天带学生抄课文，并认真清点人数，确保一个都不能少。
学校原有30多名学生，却因不少家庭无力承担费用，只剩下26人。学生们认为魏敏芝年纪轻、不像老师，便故意捣乱欺负她，课堂一度乱成一团。后来，家境贫困、母亲又卧病在床的张慧科不得不到城里打工挣钱。得知消息后，魏敏芝号召同学们一起凑钱，决定进城把他找回来。
抵达城市后，魏敏芝经历了不少困难，最终在好心人的帮助下找到了张慧科。与此同时，这群来自山区的孩子也因此受到了社会的广泛关注。
