《这不是误会》讲述了纪律检查干部姜钟琪（霍秀饰）面对亲情、爱情与工作责任考验的故事。一天早晨，她来到哥哥姜维平（铁牛饰）担任经理的菜市场办公室，得知纪委收到两封检举信：一封指控水产组营业员李晓青（陈烨饰）收受顾客的华侨券，另一封则由李晓晴检举水产大组长孙水康（迟重瑞饰）在批发过程中弄虚作假、为他人开后门。
李晓青和孙水康都是菜市场的先进工作者，而孙水康还是姜钟琪的男朋友。由于这层特殊关系，姜钟琪起初认为检举中可能存在误会。菜市场开市后，顾客因买不到水产而争吵不休，姜钟琪只得对两人展开深入调查。李晓青顾虑姜钟琪与经理姜维平以及孙水康之间的关系，也有意与她保持距离。
面对亲情与爱情的牵绊，姜钟琪能否坚持原则，在调查中做到公正无私？
