《精灵宝可梦：护林员与沧海的王子玛纳霏》讲述了正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音）前往下一个城镇时迷失方向的故事。四人在荒野中因口渴难行，偶然遇见了巡回演出的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）和她所在的玛丽娜剧团，随后便与剧团一同踏上了愉快的旅程。
洋美是水之民的后代，此行肩负着重要使命：将曾被海盗凡顿·绰普（藤岡弘 配音）夺走的苍海王子的蛋送回海之神殿，而传说中的水之民珍宝海之王冠也藏于神殿之中。贪婪的凡顿自然不愿就此罢手，于是围绕苍海王子的蛋和海之王冠，他与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开了一场激烈的正邪争夺战。本片是神奇宝贝系列的第九部电影剧场版。
