故事开篇发生在一片茂密的大森林里。一个名叫Yukinari的男孩听到了强烈的呼救声。尽管身处残酷的社会，他依然保持着天真，而这次森林中的经历也可能成为影响他一生的重要转折。
循着声音进入森林后，Yukinari遇见了名叫Mika的少女。Mika似乎是森林的守护者，并且与神奇宝贝雪拉比（Celebi）关系亲密。然而，伐木工人的到来给森林带来了危机。Yukinari决定帮助Mika摆脱他们。Mika随后向他说明了森林面临的危险，以及他们必须在有限时间内找到某个关键答案。
就在这时，雪拉比突然出现，并将两人带到了40年后的时代。在那里，他们遇见了Ash、Misty和Brock。与此同时，Ash与Yukinari之间似乎还存在着某种血缘关系。火箭队成员之一Bisashu也在四处搜寻雪拉比，他戴着金属头盔，站在黑色悬崖边，神情诡异。
为了保护雪拉比，Ash和Yukinari主动与Bisashu展开战斗。战斗过程中，一只神秘的神奇宝贝Suicune突然现身。据说，这只不可思议的神奇宝贝拥有令人畏惧的强大力量。
