《咕噜咕噜魔法阵》的故事发生在名为吉姆吉姆的大陆。随着魔王再次现世，整个大陆陷入危机，国王于是发布悬赏令，寻找能够讨伐魔王的勇者。成功完成任务的人，不但能获得丰厚奖金，还有机会获封王子。
仁杰（泷本富士子 配音）在父亲的强迫下踏上了讨伐魔王的旅程。出发前，他按照族规前去拜访魔法婆婆（山本圭子 配音），而在婆婆的安排下，能够施展咕噜咕噜魔法的少女歌莉（吉田古奈美 配音）成为了他的旅伴。与对勇者传说充满憧憬和幻想的歌莉不同，仁杰对这段旅途并不热衷。性格截然相反的两人就这样结伴启程，一路上将经历各种奇妙而有趣的故事，也会遇见形形色色的同伴与敌人。
