嘉庆年间，皇帝与皇后前往热河行宫避暑，并答应回宫后在中秋时节册封如妃（邓萃雯饰）为贵妃。就在此时，宫外突然流传起一连串对如妃不利的传言，靠在宫中打探消息谋利的撷芳殿奶娘湘菱（蔡少芬饰）、太监马新满（韦家雄饰）等人，也因此被卷入这场风波。幕后推动一切的，竟是如妃的妹妹、年纪轻轻便守寡的淳太妃（伍咏薇饰）。
面对流言，如妃选择听之任之，只盼终有一天能够解开姐妹之间的心结。与此同时，她暗中拉拢亲生儿子五阿哥的奶娘湘菱，以及太医杨梓轩（曹永廉饰），共同照料五阿哥，并守护钮祜禄一族的秘密。为了讨淳太妃欢心，如妃吩咐南府在戏单中加入《牡丹亭》。临时准备之际，马新满只好请在南府教戏的章和班代为登台。谁料名不见经传的高流斐（陈豪饰）一曲成名，令宫中女子纷纷倾心，也如同一颗石子投入紫禁城原本平静的湖面，掀起层层波澜。
作为《金枝欲孽》的第二部，本剧以另一个时空为背景，继续描绘后宫中的权谋、情感与风云变幻。
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