电视剧上海秘密战以1954年至1964年上海地区发生的六大间谍案件为创作背景，讲述解放初期国家安全部门在隐蔽战线上与国民党、美国等方面派遣和潜伏特务斗智斗勇的故事。金鹰奖最佳男配角王志飞饰演我军侦察人员杨剑忠，与战友们在重重危机中抽丝剥茧，接连粉碎敌人的暗杀、破坏和情报窃取阴谋，最终将敌人特务网一举歼灭，成功维护新中国的安定与团结。
剧中，台湾国民党特务机关利用反动会道门成立顺天国，策划反革命暴乱，杨剑忠等人深入虎穴，彻底消灭派遣和潜伏的敌人；潜伏中国十多年的日本间谍小组企图暗杀抗日英雄、窃取政治、经济和军事情报，侦察人员拨开层层迷雾，查出了这批危害极大的间谍分子。蒋介石集团为破坏鹰厦铁路，制定黄龙计划，派遣爆破专家实施恐怖活动，杨剑忠等人及时挫败阴谋，保卫铁路运输大动脉。英美间谍机关为配合蒋介石集团、阻挠解放台湾的军事部署，向上海派遣并联络潜伏间谍，侦察人员经过周密侦查，将敌人一网打尽。
此外，蒋介石集团还企图利用国际反华逆流和国内三年自然灾害反攻大陆，委任上海地下市长并派遣特种部队登陆，李小光等侦察人员打入敌人内部，成功歼灭武装匪徒。美国间谍机关则企图窃取我国第一颗原子弹生产、爆炸的重要机密，并指使间谍潜入导弹和原子弹基地，杨剑忠识破敌人的阴谋，守住了国家国防机密。全剧汇聚众多演员，展现隐蔽战线一线指战员的无畏斗争，谱写了一曲无名英雄保卫祖国安定的赞歌。
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