《剧场版 银河机攻队：觉醒的基因》讲述了地球遭到自称“泛银河统一帝国”的神秘势力乌尔加尔袭击，陷入存亡危机的故事。为战斗而接受基因改造、被创造出来的伊兹鲁、阿萨吉、凯、塔玛希、骏河和安居组成“兔子队”，驾驶最新型战斗装置AHSMB（阿修）迎击敌人。在摧毁乌尔加尔据点的决战中，兔子队取得胜利，但伊兹鲁也身受重伤，陷入昏迷。阿萨吉等人留在战斗母舰戈迪尼翁上，祈盼伊兹鲁早日康复。就在此时，拥有乌尔加尔皇族基因的迪欧露娜现身，率领残余部队再次入侵地球，而她的目标正是兔子队母校——格兰泽雷都市学园地下沉睡的“基因”。面对迟迟未能苏醒的伊兹鲁，阿萨吉决意代替他继续战斗。于是，兔子队与驾驶新型阿修的凤凰队一同出击，迎来最后的决战。
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