1988年7月，关东地区发生了一场由新型炸弹引发的爆炸，第三次世界大战随之爆发。31年后，人类在废墟之上重新建立起都市，并在东京湾兴建了庞大的新东京，世界仿佛正逐步恢复往日的繁荣。
2019年的一个夜晚，新东京郊外一条封闭的高速公路上，暴走族团伙肆意飙车。领头的金田是一名职业高中学生。突然，一个身材矮小、来历古怪的男子出现在道路中央，少年铁雄为躲避他而连人带车冲出公路。金田正准备找那名男子算账时，军方直升机赶到，将矮个男子和铁雄一同带走。
铁雄被关进一个陌生的地方，那里似乎正在进行超能力研究；另一边，金田则开始设法营救好友。两人都没有意识到，随着神秘力量“阿基拉”的出现，他们的人生与新东京的未来，已经悄然发生了巨大的改变。
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