漆黑的子弹将故事设定在遥远的2020年。人类在与神秘生物原肠动物的战争中遭遇惨败，不仅失去了赖以生存的土地，连应有的权利也被无情剥夺，只能在冷酷的独裁统治下艰难求生。即便身处这样的绝境，仍有人没有放弃反抗。为了对抗日益强大的敌人，天童民间警备公司应运而生。
表面上，里见莲太郎（梶裕贵 配音）只是一个普通的十六岁少年，实际上，他早已成为民警的一员。在搭档蓝原延珠（日高里菜 配音）的协助下，莲太郎一直试图查明父母莫名死亡的真正原因。一次绝密任务将他带入一个巨大的谜团之中，伴随着接连而来的危险与杀戮，他最终能否揭开隐藏在背后的真相？
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