《超时空要塞Macross》的故事始于西元1999年。一颗神秘的巨大“流星”坠落地球，调查后人类才发现，那其实是一艘来自外星的宇宙飞船。为了修复飞船、弥补坠落对地球环境造成的破坏，并掩盖外星飞船降临的真相，世界上的部分强国联合成立了统合政府。地球统合军随后将这艘飞船改造成全长1200米的超大型主力战舰，并命名为“马克罗斯”（MACROSS，德文意为“大宇宙”）。
然而，人类很快分裂为统合派与反统合派阵营，战争持续不断，马克罗斯的改造工程也在战火中继续进行。十年后，马克罗斯举行正式起用下水典礼当天，月球轨道附近突然出现大规模时空跳跃反应。就在此时，马克罗斯的主炮意外自动发射，击中了出现在月球附近的外星舰队观测舰。事态已无法挽回，统合军只得立即迎战，并让马克罗斯升空启航，以吸引敌方注意。
青年一条辉阴差阳错地驾驶统合军战机卷入战斗，途中救下了名叫林明美的少女，也与舰上女军官早濑未沙相识。被称为“第一次宇宙大战”的人类与异星人战争就此拉开序幕，而辉、明美与未沙之间错综复杂的感情，也逐渐介入战局，甚至成为影响未来历史走向的关键。
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