《超时空要塞：可曾记得爱》讲述了发生在未来的战争与爱情故事。1999年，一艘坠落地球的外星宇宙战舰被人类发现。经过十年修复后，它被命名为MACROSS。2009年，MACROSS要塞正举行偶像歌星林明美（饭岛真理配音）的演唱会，空袭警报却突然响起，要塞随即开始变形。战斗中，一条辉（长谷有洋配音）驾驶变形战斗机救下一名少女，却因飞行速度过快撞入外层舱室。战事平息后，辉才发现自己救下的竟是林明美。
两人相识后，为了让明美开心，辉偷偷驾驶教练机带她外出兜风。不料敌人突然来袭，幸得朋友及时出手相救。经过一番混战，辉与早濑未沙（土井美加配音）醒来时，已经身处一颗荒芜的星球。两人由此了解到，五十万年前，一个名为普罗多的古代文明曾发展至鼎盛时期，甚至能够利用遗传密码进行无性繁殖。后来，国家分裂为由男性组成的杰特拉帝与由女性组成的赫而特兰帝，双方展开了持续数万年的战争。漫长的战争使文明迅速衰落，昔日辉煌的文化逐渐被遗忘，两个种族也退化成只知战斗的存在。面对这段被尘封的历史，他们将采取怎样的行动，成为故事发展的关键。
本片改编自1982年至1983年播出的电视动画《超时空要塞》，并在其基础上进行了精简重构。
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