《新机动战记高达W 无尽的华尔兹 剧场版》的故事紧接外传《Battlefield of Pacifist》（和平主义者的战场）展开。殖民后196年，地球与殖民地之间的战争终于结束。希洛等四位高达驾驶员决定将高达送入太阳，彻底结束武力纷争，只有五飞没有加入他们。然而，短暂统一的地球圈很快又被人类的欲望侵蚀，新的战乱随之爆发。
巴顿财团拥立前OZ统帅杜鲁斯的女儿作为傀儡领袖，组建军队，并以新建的殖民地X18999为据点。同时，他们绑架了担任地球外交官的莉莉娜，企图发动第二次流星作战。为阻止这场危机，希洛等人潜入殖民地，重新取回高达，投入战斗。
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