《家里蹲老师》讲述了上嶋阳平（佐藤二朗）的故事。他从38岁起连续11年过着家里蹲的生活，直到3年前才终于走出房间，成为一名“家里蹲幸存者”。摆脱家里蹲状态后，在当地居民的帮助下，阳平开了一家烤鸡串店，却连与客人正常交谈都做不到，距离真正回归社会仍有一段路要走。
此时，阳平受邀到一所市立中学担任非常勤讲师。校长榊徹三（高桥克典）希望借助有过家里蹲经历的人，帮助学校里的不登校学生，因此向阳平伸出了橄榄枝。面对学校社工磯崎蓝子（铃木保奈美）和年轻教师深野祥子（佐久间由衣）在不登校学生教室的运营上陷入困境，这个想法或许会成为一次突破。
阳平认为自己根本无法胜任，坚决想要拒绝这份工作。然而，他偶然遇见了不登校学生奈奈（铃木梨央），并在这个女孩身上看到了自己那位失散多年的独生女。内心动摇的阳平，也得到了同为家里蹲伙伴的“尤达”（玉置玲央）的支持。
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