《亲爱的医生》讲述了发生在偏僻的神和田村的故事。这里人口大量流失，老龄化问题严重，医生伊野治（笑福亭鹤瓶饰）的到来，终于让村里的老人不再为看病无门而发愁。伊野性情和善、医术精湛，深受村民敬爱，几乎被他们视作神明。
从东京前来实习的年轻医师相马启介（永山瑛太饰）起初并不理解伊野甘愿留在这样寂寞偏远之地的选择。随着一次次出诊，他逐渐与村民建立起质朴的情谊，也开始更加了解伊野医生。然而，两个月后的一个夜晚，伊野治突然神秘失踪，村民们陷入慌乱，担心他的安危。负责调查此事的警官（松重丰饰）却似乎另有判断。随着调查不断深入，伊野治的真实身份以及隐藏的秘密也逐渐浮出水面。
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