《巨兽来袭3》讲述了当地百姓苏晋丰承包海中一座荒岛后的离奇遭遇。多年来，他一直在岛上种植椰树、采摘椰果。一天，正在椰林劳作的苏晋丰突然遇到一只恐龙，惊恐之下仓皇逃命。事后，他始终无法解释这次遭遇，便将消息告知媒体，希望借此引起关注，揭开恐龙现身的谜团。
媒体编辑林佩伦得知此事后十分兴奋。她意识到，如果消息属实，恐龙这一史前文明的存在将成为当代社会前所未有的重大发现，而自己也可能凭借率先报道这一事件，获得新闻界最高奖项普利策奖。经上报后，林佩伦获准展开采访调查，并在相关部门协调下，与同事黄明辉以及生物专家吴欣美、孙嘉来、奕江一同赶赴荒岛。
然而，五人登岛后便接连遭遇意外。荒岛无人区几乎保持着原生态的自然环境，复杂的地形让他们举步维艰，途中还不断受到蛇蝎等毒物的威胁。为了救助吴欣美，林佩伦不慎被蝎子蜇伤，险些丧命。经历一番艰难跋涉后，他们在这座神秘荒岛上的调查仍在继续……
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