明朝嘉靖年间，倭寇频繁侵扰东南沿海，烧杀抢掠，百姓深受其害。兵部二品侍郎朱纨（刘永 饰）奉旨前往浙江平倭，并由内务府总管太监王顺随行监督。没想到朱纨尚未赴任，途中便遭到倭人伏击，幸亏定海镇台周将军（杨子 饰）及时率兵相救，他才得以平安上任。
不久后，周将军护送畲寨土司进贡的千年灵芝，再次遭遇倭人袭击，危急之时，盐贩曹顶（吴奇隆 饰）出手相助，使众人逃过一劫。朱纨得知此事后，决定将曹顶招入军中，与其联手抗倭。曹顶成为将领后，在与倭寇交战的过程中结识了女扮男装的畲寨郡主阿珠（黄奕 饰）。原来，畲寨土司身受重伤、病危不治，临终前嘱托阿珠协助曹顶共同抗击倭寇。
为了擒获倭首博多津（元华 饰），朱纨等人共同设下计策。然而，王公公却另有打算，始终迟疑不决。曹顶、阿珠和周将军依计行事，经过数场生死激战，终于成功引出匪首。可就在众人以为真相即将揭晓时，却发现博多津的背后还隐藏着另一个博多津（尹子维 饰），整个阴谋始终由他暗中操纵。
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