经历了动荡的明治维新后，日本步入全新的时代。明治政府成立第十年，东京却逐渐被不祥的阴影笼罩。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）利用女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，同时招揽失意武士、疯狂收购周边土地，暗中推进自己的野心。
与此同时，曾以“刽子手拔刀斋”之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）再次现身，引起前新选组头目斋藤一（江口洋介 饰）的警觉，也让隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）不得不重新面对过去。寄居于神谷道场的剑心，逐渐适应了与神谷薫（武井咲 饰）及周围百姓相伴的平静生活。然而，武田观柳的贪欲并未止步。为了守护无辜之人，剑心只得再次拔出逆刃刀，与相乐佐之助（青木崇高 饰）一同闯入敌营。本片改编自和月伸宏创作的经典漫画。
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