《黑暗中的孩子们》讲述了日本新闻社曼谷分社记者南部浩行（江口洋介饰）的调查经历。南部从总社同事那里得知，近期有不少患病的日本儿童前往泰国，接受非法器官移植手术。为查明真相，他展开调查，并委托曾从事器官移植中介的人协助搜集资料，却意外发现，许多泰国儿童竟遭到活体摘取器官的残酷对待。
调查期间，南部结识了在曼谷社会福利中心“爱之家”实习的日本女大学生音羽惠子（宫崎葵饰）。随着调查深入，事实逐渐浮出水面：这里的孩子不仅要承受被摘除器官的痛苦，还被迫沦为雏妓。在黑暗的角落里，那些天真的儿童正面对一条看不到希望的残酷命运。
本片改编自朝裔作家梁石日的同名小说。
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