《天军》讲述了发生在2005年的一段奇幻故事。南北朝鲜联合研制出核武器“飞击震天雷”，却因国际列强施压，不得不将其交出，民族强盛的愿望也再度落空。朝鲜少校江民吉（金胜宇饰）不甘屈服，带着参与项目的金博士（孔孝珍饰）和“飞击震天雷”出逃。韩方随即派出朴政宇少校（黄正敏饰）率队追捕。双方相遇之际，一颗彗星划过天际，强大的力量扭曲了时空，江民吉、朴政宇等人意外来到1572年的朝鲜。
他们机缘巧合之下击退了正在屠戮朝鲜百姓的女真人，被当地先民视为从天而降的“天军”。当晚，一名小偷偷走了他们的武器，而这个小偷竟是日后的朝鲜民族英雄李舜臣（朴重勋饰）。此时的李舜臣武科落榜、意志消沉。面对失意的民族英雄和饱受女真欺凌的朝鲜先民，来自现代的韩朝两方军人最终为了各自的信念，投入这场跨越时空的战斗。
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