在与绿妖的大战结束后，蜘蛛侠帕克（托比•马奎尔 Tobey Maguire 饰）为了不让自己的身份连累亲人和挚爱，强忍痛苦拒绝了玛丽（克尔斯滕•邓斯特 Kirsten Dunst 饰），选择独自承担起守护城市的责任。与此同时，他还要不断练习运用超能力，在超级英雄与普通大学生两重身份之间谨慎周旋，努力隐藏真实的自己。
尽管对玛丽的感情越来越深，帕克却始终无法以蜘蛛侠的身份向她敞开心扉。好友哈利因误解蜘蛛侠而处处与他作对，唯一的亲人婶婶也开始怀疑蜘蛛侠的真实身份。就在生活和责任的双重压力下，新的强敌章鱼博士出现了。面对接踵而来的危机，帕克再次肩负起蜘蛛侠的使命。
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