《超蛙战士之初露锋芒》的故事发生在工业革命后数十个世纪。那时，地球已不再适合人类生存。为了适应日益恶劣的环境，人类不得不进行基因改造；与此同时，一批勇敢的探险者携带着人类科技的结晶，奔赴宇宙各处，寻找新的栖息地。有人成功发现了适合生存的星球，并在那里繁衍生息，也有人从此消失在茫茫宇宙之中。
当年从地球出发的一支探险队幸运地找到了一颗被水域和植物覆盖的湿地星球，并将其命名为沼泽星。经过漫长岁月，他们拥有了全新的身体和面貌，也渐渐遗忘了自己的来历，最终演变成新的种族——蛙族人。与此同时，人类基因改造也造就了另一支后裔——梯族人。为了争夺资源、居住地以及人类探险队遗留下来的科技晶体碎片，残暴的梯族人向蛙族人的领地MALO星系发动了侵略战争，原本宁静的生活就此被彻底打破。
蛙族青年康和钢兽原本是军事学院的预备役学员，他们最大的梦想，就是驾驶AIU重装机甲，成为蛙人国最受瞩目的AIU战士。然而战事不断升级，蛙族军队伤亡惨重，康、钢兽和其他预备役学员也被迫奔赴太空，正式投入战斗。
为了提升蛙族的军事科技水平，蛙族将军莫迪冒险潜入梯族人的势力范围，从星际海盗头子魂魄虎手中购买一枚重要的信息芯片。交易即将完成时，他的行踪却被梯族人发现。敌人一路追击，直至蛙族最后的领地——通往沼泽星的星际传送门外。
AIU战队队长明天豪奉命率部接应莫迪将军。明知此行凶险万分，他仍抱着必死的决心带领全体AIU战士冲出传送门，与早已设伏的梯族人展开激战。康、钢兽和其他战友始终冲在最前线，与敌人展开殊死搏斗。就在蛙族部队逐渐占据上风之际，梯族将军巫帝向勇猛的AIU战士发起致命攻击。为救下战友，明天豪毅然引爆随身携带的电磁脉冲弹，生死未卜；另一名AIU战士大炮驾驶的机甲也被巫帝击毁。为了替队长和大炮报仇，钢兽毅然迎向远比自己强大的敌人，发起了勇猛的进攻……
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