《你的颜色》讲述了高中生日暮窦子（铃川纱由 配音）的故事。窦子拥有看见他人内心色彩的特殊能力，一直被同学作永君（高石明里 配音）身上耀眼明亮的颜色所吸引。作永退学后，窦子在小镇的一家旧书店再次找到了她，并在那里结识了同样散发着明亮色彩的少年影平路易（木户大圣 配音）。在窦子的提议下，三人组建乐队，开始创作属于自己的歌曲。随着音乐让彼此逐渐靠近，三人也各自藏着难以言说的秘密：窦子隐瞒着自己能够看见他人颜色的能力，作永没有告诉家人自己退学的事实，路易则瞒着母亲偷偷组起了乐队。校园庆典临近之际，在音乐中获得慰藉与力量的三人，在日吉子老师（新垣结衣 配音）等人的帮助下，决定以人生中的第一场演唱会，勇敢面对真实的自己。
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