日本恐怖分子赤虎将香港打造为亚太地区重要的军火走私基地，并借助尖端科技向特区政府发起挑衅，使警方束手无策，全港市民的安全也因此受到严重威胁。为了证明自己的能力，警官陈聪（曾志伟饰）亲自前往警校，挑选出Jack（谢霆锋饰）、Match（冯德伦饰）、异型（李灿森饰）和千年虫（叶佩雯饰）四名桀骜不驯的少年，组建特警新人类，誓要将赤虎捉拿归案。
首次执行任务时，四人成功打入黑帮头目杰少的组织。杰少正是赤虎在香港的接头人，特警新人类逐步取得了他的信任，却也因此被警方误认为是杰少的同谋，陷入警方与黑帮的双重追捕。众人在拼命逃生的过程中，意外发现了赤虎更为重大的阴谋。
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