机动战士高达：跨时之战日语的故事发生在一个夏亚率领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。历史的改写彻底改变了地球联邦与吉翁公国之间的势力格局。生活在空中宇宙殖民卫星的女高中生天手让叶，偶然结识了难民少女尼娅安，并因此卷入非法MS决斗赛事军团战。她驾驶神秘的最新型MS GQuuuuuuX（吉夸克斯）投入这场危险的竞技之中，而遭到通缉的神秘MS高达驾驶员修司伊藤，也出现在她们面前。少女与少年的相遇，让两人的梦想彼此交织，也令宇宙世纪开启了全新的未来。
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