《机动部队粤语》讲述反黑组警长肥沙（林雪 饰）意外遗失配枪的故事。手枪一旦落入匪徒手中并被用于行凶，肥沙将面临严重后果。PTU警官何文展（任达华 饰）念及同僚情谊，承诺在天亮前找回配枪，随即带领几名手下展开彻夜搜寻。
然而，寻枪行动并不顺利。警员Kat（邵美琪 饰）坚持遵守纪律，认为必须将事件上报处理；与此同时，CID的Madam张（黄卓玲 饰）在调查一宗黑社会谋杀案时，怀疑肥沙与黑社会有所牵连，因而与PTU产生分歧。随着夜色渐深，警员之间、部门之间的矛盾与角力逐步升级，而清晨揭开的真相，远远超出了所有人的预料。
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