《新世纪福音战士新剧场版：Q 剧场版》的故事发生在14年前。初号机疑似以神化第一形态觉醒，引发近三冲击，令世界遭受前所未有的巨变。此后，葛城美里（三石琴乃配音）等NERV旧部脱离组织，成立了反抗seele与NERV的Wille。奉Wille之命，明日香（宫村优子配音）和真里（坂本真绫配音）试图夺回被封印于卫星轨道上的初号机以及碇真嗣（绪方惠美配音），但组织严禁真嗣再次登上初号机。
面对周围人明显的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美配音）登上突然入侵的九号机，回到了满目疮痍的NERV总部。在那里，他意外与一直思念的绫波重逢，并从父亲口中得知了有关美少年渚薰（石田彰配音）的安排。
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