《魔法少女奈叶 EXCEEDS Gun Blaze Vengeance》的故事发生在30年前。那时，未知的“侵略性外来生物”突然现身，世界一度濒临毁灭。人类与被称为“侵略种”的生物争夺着生存空间，尽管如今人类勉强获得了安全保障，世界却依然随时可能走向终结。人们一边恐惧着死亡与毁灭，一边对潜藏的危险和灾难视而不见，麻木地维持着日常生活。
为了应对“侵略种”引发的危机与灾害，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”开始展开行动。故事从远东的岛国“瑞穗”拉开帷幕。生活在离岛、以驱除“侵略种”为生的猎人少女久濑椎名，唯一的愿望，就是和家中仅剩的亲人、妹妹刹那一起过上平静的生活。然而，降
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