《大漠情怨》以刀客八墩跌宕多舛的一生为主线，展现了一段充满西部大漠气息、粗犷豪迈而又悲壮无奈的爱恨故事。八墩性情强悍好胜，靠一身出众的飞刀绝技和刀头赌博谋生。年轻漂亮的寡妇甘草深爱着他，可她和儿子旦旦一直靠货郎“骆驼”接济生活。“骆驼”同样倾心于甘草，当甘草选择与八墩相爱时，他只能默默承受失落与痛苦。
八墩凭借高超的飞刀功夫声名远播，也因此屡被当地恶霸麻九和五爷利用，卷入以刀客性命为赌注的较量。在一次赌场对决中，“骆驼”为了保护甘草，替八墩杀死麻九，自己也付出了生命。随后，八墩杀了五爷，彻底结束刀客生涯，带着甘草和旦旦来到大漠深处的一座小镇，以打铁为生，努力过上平静的日子。
不久，土匪头子杨明远来到镇上，表面经营棺材铺，实际上为了让生意兴旺，故意挑拨当地大户李兆连与酒坊老板胡为之间的矛盾，煽动两家械斗。八墩出面化解冲突，平息风波，不愿眼看小镇原本和睦的生活被仇恨破坏。杨明远因此对他怀恨在心，不仅设法夺走八墩的镇长之位，还杀害李兆连的儿子并嫁祸给胡为，最终挑起李、胡两家的连番仇杀，令小镇死伤惨重。八墩再也无法忍受，只得重新穿上刀衣。
十年后，旦旦已经长大。由于八墩一家生活贫困，无钱为他娶妻，八墩便用当年“骆驼”留下的一匹骆驼，向人贩子换来了名叫环环的女子，让她与旦旦成婚。全家人原以为终于能够迎来安稳祥和的生活，却再次遭到命运捉弄。旦旦婚后发现自己患有难以启齿的疾病，无法与环环同房。人贩子赵镇得知此事后，趁机强占环环，使八墩一家蒙受羞辱。甘草告状无果，旦旦找赵镇复仇也以失败告终，只能与环环远走他乡。八墩满怀怨恨与悲痛，最终无奈地坐在荒凉的大漠之中。
