《三坪房间的侵略者》中，里见孝太郎（中村悠一 配音）只是一个平凡的高中生，住在可乐娜庄公寓106号房间里。由于房租低廉，他原本过着安稳而平静的生活，却没想到一名少女的出现彻底打破了这份宁静。
这名少女东本愿早苗（铃木惠理 配音）自称是寄宿在106号房间的幽灵，原本打算通过制造恐怖现象把孝太郎吓走，却意外没能成功。相处之下，早苗逐渐习惯了与孝太郎“同居”的日子。然而，觊觎这间房子的并不只有她一人。古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、突然现身的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音），以及从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音）相继登场，并分别将106号房间视为自己的侵略目标。为了守住这间赖以生存的廉价公寓，孝太郎不得不迎接一场又一场的“战争”。
