《如果高中棒球队女经理读了杜拉克的〈管理学〉》讲述了东京都立程久保高中二年级学生川岛南（日笠陽子 配音）的故事。这个热爱棒球的美丽少女，与从小学起就是好友的宫田夕纪（花澤香菜 配音）情同姐妹，而夕纪正担任程高棒球部的经理。
然而，程高棒球部长期处于垫底位置，常常在地区赛第一轮便遭淘汰，“进军甲子园”对他们而言几乎只是遥不可及的梦想。面对教练指挥不当、队员之间缺乏沟通、训练态度消极等问题，整个球队早已陷入自暴自弃的状态。就在这时，夕纪因病住院。为了不让好友担心，小南主动接下了棒球部经理的工作。
球队事务很快让她感到焦头烂额。一次偶然的机会，小南接触到管理学大师彼得·杜拉克的著作《管理学：任务，责任，实践》，并尝试将书中的理念运用到球队管理之中。在她的努力下，这支常年垫底的队伍逐渐发生改变，开始朝着甲子园的目标奋勇前进。本片改编自岩崎夏海的同名管理学原著。
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