绯弹的亚莉亚讲述了一个秩序混乱的世界。面对层出不穷的骚乱与危机，普通警察已难以应对，于是武侦这一职业应运而生。武侦可以在法律允许的范围内，运用包括武力在内的各种手段解决问题。为培养相关人才，专门的武侦高中随之设立。
远山金次（间岛淳司 配音）是武侦高中的学生，就读于侦查科，成绩仅处于最低的E级，看上去只是个不起眼的普通男生。然而，他其实拥有一项不为人知的特殊能力：一旦进入亢奋状态，身体和各方面能力便会迅速提升至平时的30倍。由于这项能力曾给他带来不少麻烦，金次一直刻意隐藏实力，努力过着平凡的校园生活。直到一场突如其来的爆炸让他遇见了实力超群的少女亚里亚（钉宫理惠 配音），金次原本平静的生活就此改变，命运也驶向了全新的方向。
