《一代妖后》讲述了清同治三年（1864年），假太监安得海仗着西太后慈禧（刘晓庆）的宠信，在宫中横行无忌，甚至不把同治皇帝（陈道明）放在眼里。得知同治皇帝与宫女桂莲（巩俐）相恋后，早已对桂莲心存觊觎的安得海借慈禧恩准，以将桂莲许配给自己“二哥”为名，企图逼她成婚。桂莲性情刚烈，宁死不从，安得海恼羞成怒，便将她卖入天桥妓院。
同治皇帝对此既愤怒又无奈，随后私访天桥妓院，并趁安得海南下之际，下旨命山东巡抚丁宝桢将其就地正法。此事也使同治与慈禧之间的嫌隙日益加深。后来，慈禧得知同治染上梅毒，便下令不许皇后生育。同治在怨恨中病逝，不久后皇后自尽，东太后慈安（陈烨）也神秘驾崩。
