《叹别离》以明末清初的动荡乱世为背景。天启帝的太子朱慈燃自幼便流落民间。天启七年，天启帝突然驾崩，其弟信王朱由检继位，改年号为崇祯。自崇祯元年起，明王朝烽烟四起，闯王李自成与后金努尔哈赤相继起兵，与明廷分庭抗礼，崇祯帝也在连番战事中节节败退。
流离失所的皇长子朱慈燃，逐渐成为各方势力争夺的关键人物。为护太子周全，明朝忠臣冷延泉四处寻访，终于将朱慈燃从民间找回，并安排他前往灵岩寺，假意出家为僧。不料太子行踪泄露，已经归顺清王朝的杭州织造局掌印大太监刘明喜，率领大批锦衣卫杀上灵岩寺。与此同时，汉阳城左家军与大顺军李自成也暗中蠢蠢欲动，一场围绕太子命运的风波就此展开。
