《宫本武藏续 一乘寺之决斗》中，历经生死磨炼的新免武藏（三船敏郎 饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）的举荐下投身大名麾下，并改名为宫本武藏。为了锤炼心志、精进武艺，他离开苦苦等待自己的阿通（八千草薰 饰），踏上四处游历、挑战各路高手的道路。
一路连败众多强敌后，武藏向吉冈拳法道场发起挑战。此时馆主清十郎（平田昭彦 饰）恰好外出，道场中的弟子接连败在武藏手下，他留下挑战书后从容离去。吉冈门徒因此怀恨在心，多次设局加害，却都被武藏一一化解。与此同时，武藏意外重逢分别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子 饰）。在接连不断的刀光剑影中，他最终对爱情作出抉择，也与宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）完成了初次相逢。
