《清明》讲述了刘铭刑满释放后的故事。被关押了三年的他出狱当天无家可归，老杨念及父辈情分，主动将他接回家中。此时，三峡工程即将蓄水，这片土地很快就会被江水淹没。刘铭得知父亲的坟墓还埋在深山之中，便决定在离开之前，将父亲的骨灰坛迁走。
起初，老杨的家人极力反对，甚至想方设法阻止他进山。后来，老杨被刘铭的孝心打动，答应陪他寻找父亲的坟墓。一路上，他们遇见了形形色色的人，每个人对迁坟都有不同的看法，其中不少人都不愿让刘铭继续下去，但他始终没有放弃。阿清也悄悄跟随他们进山，山林之中由此发生了一连串故事。
老杨的儿子大勇是巡山队员，起初同样坚决反对进山，最终在老杨的劝说下加入寻找。然而，由于大水即将淹没这里，他们不得不提前下山。尽管刘铭最终没能找到父亲的坟墓，却在这段旅程中收获了一份超越血缘、胜似亲情的深厚感情。
