《玻璃精灵》是一则晦涩而充满视觉表现力的末世纪寓言。故事发生在一座以玻璃制造为生的村镇，玻璃厂工头去世后，也将生产红宝石玻璃的秘方一并带进了坟墓。工厂主想尽各种办法寻找配方，却始终一无所获。
预言家海斯所预言的灾祸接连成为现实，在村民之间引发了巨大的恐慌。他进一步预言，玻璃工厂终将被大火吞噬，人们会彼此仇视、互相残杀，战火也将蔓延到世界各地。后来，一切果然如海斯所说般发生。陷入绝望的工厂主亲手烧毁了工厂，而人们长期压抑的忍耐也终于走到了尽头。
影片结尾，世界边缘的一座小岛上，一群人为了探寻世界的真相，驾着小船踏上了新的冒险旅程。
