地球百子第五季的故事发生在百子成功熬过地表入侵、山地基因危机、Ari智能危机和天幕辐射危机五年之后。天空人和由小oHeda领导的地表人重新回到地面，并着手重建家园。就在此时，他们意外发现，战前由美国国防部门建造的海底智能化基地因备用供电系统停止运行而浮出水面。经过探索，众人确认基地内已经没有幸存者。修复供电设备后，天空人进入基地控制系统，得知这里其实是美国在冷战时期开始研发的太空战基地，为了安全与保密才建于海底。基地能够连接仍在运行的军事卫星，众人由此发现，美国早已秘密与宇宙中的神族文明取得联系，而神族文明的外交舰队也在一百年前启程，如今已经抵达银河系边缘。神族文明误以为地球文明已经灭亡，与此同时，备份在宇宙空间站中的Ari系统错误判断了神族文明的来意，希望对方能够帮助人类重建家园。然而，神族文明早已启动殖民地球的计划，外交舰队的真正任务，是消灭地球上残存的文明并建立新的秩序。面对这场来自宇宙的威胁，天空人和地表人将如何利用海底基地与军事卫星展开抗争？
