《看到灵魂的那只眼师公》讲述了一个跨越百年的冤魂故事。百年前，在一个闷热无风的夜晚，陈阿海正在井边冲凉，因追捕采花贼遭到袭击，最终赤身含冤而死。死后，他的魂魄被困在日治时期的妈宫城，也就是马公城中，一直渴望查明真相、洗刷冤屈。由于没有衣服，他只能仰望天空，哀怨地呼喊着想要一件衣服。
百年后，阿海的同宗后代福源伯担任宫庙主委，一心想重返演艺圈，却因为庙里的小法团无人接班而始终无法脱身。热心的侄女可可于是召集坤松、凤葵和柯楠三位好友前来帮忙。没想到，坤松因此拥有了看见阿海魂魄的能力。阿海缠上坤松，请他协助找出当年杀害自己的凶手。与此同时，可可的父母锦文与香奈儿也从高雄回到妈宫帮忙。为了超渡阿海、招募小法团，这群人让原本平静的妈宫城陷入一连串热闹又混乱的事件之中。
在家族后代的帮助下，阿海终于解开了百年前的冤情，放下长久以来的怨念，并决定化身守护力量庇佑后世子孙，故事也因此迎来圆满结局。
