2043年7月1日，犯罪大王将军（卢惠光饰）落网。一周后，铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）将亲自审理他的案件。为逃脱法律制裁，将军派手下健（郑伊健饰）穿越回50年前，寻找年轻时的余铁雄，并对他进行洗脑，让他无法完成审判。
政府得知计划后，立即派出飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）和发达星（任达华饰）返回1993年，负责保护余铁雄。此时的大雄是中学里的长期留班生，平日经常遭到同学余忌安（许志安饰）的作弄和欺负，身边只有女友采妮（杨采妮饰）真心对待他。
三名特警乔装进入学校，扫帚头成为教师，铁面则装成大雄的同学，发达星担任他的跟班。他们不仅帮助大雄击败余忌安，还试图从他口中打听余铁雄的下落。然而，大雄却坚称学校里根本没有这个人。与此同时，健也假扮老师混进校园。另一边，大雄的母亲正准备改嫁给理查德余……面对身份重重交错的危机，飞龙特警究竟能否顺利完成任务？
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