巴格达总局讲述了伊拉克前警察穆辛（瓦利德·祖伊特 Waleed Zuaiter）的故事。在混乱、罪恶与偏执交织的环境中，他不仅失去了家庭、妻子和职业，还必须竭尽全力保护自己与患病女儿的安全。一天，陷入绝望的姐夫请求穆辛帮忙寻找失踪的侄女（丽姆·卢巴尼 Leem Lubany 饰）。出于亲情与责任，他答应了下来。
穆辛前往绿区调查侄女的下落。那里正是她原本计划担任翻译的地方，但他的询问却遭到冷漠对待。随着调查深入，穆辛和女儿（朱莱·纳米尔 July Namir 饰）逐渐意识到，这起失踪案远比表面看起来复杂。线索不断浮现，穆辛也被卷入一场更大的阴谋之中，并逐步揭开政府腐败、恐怖组织与利益集团相互勾结的真相。面对残酷现实和接踵而来的个人考验，他必须设法保护自己以及身边所爱的人。
