在真新镇，年满10岁的少年便有资格成为神奇宝贝训练家。小智（松本梨香 配音）怀抱着成为最强神奇宝贝训练大师的梦想，准备踏上修行之旅。然而，他因早上赖床迟到，差点失去挑选神奇宝贝的机会，最后只能带走一只无人选择的皮卡丘（大谷育江 配音）。
皮卡丘又被称为电气鼠，外表可爱，却性格害羞内向，不太愿意亲近人类，一有不满便会放电攻击，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。临行前，大木博士将神奇宝贝图鉴和宝贝球送给小智。就这样，小智与皮卡丘踏入了充满谜团与冒险的神奇宝贝世界，等待他们的究竟是光明还是黑暗？小智能否实现成为神奇宝贝大师的愿望？
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