拳皇命运日语讲述了发生在现代南镇的一场惊天阴谋。1800年前，由人类恶念凝聚而成的怪物八歧大蛇降临人间，给世间带来巨大灾难。最终，以草薙家族为首的武术家借助三件神器，将八歧大蛇封印起来。
时至现代，世界综合格斗大赛THE KING OF FIGHTERS（简称KOF）在南镇举行，来自世界各地的格斗高手纷纷汇聚于此。草薙家族传人草薙京来到南镇后，立刻察觉到大蛇之力正在逐渐复苏，种种迹象也表明，这场盛大的KOF大赛背后隐藏着一个巨大的阴谋。
随着比赛正式展开，各支队伍带着不同目的登场，并在命运的牵引下逐步走到一起。与此同时，暗中的邪恶势力早已布下天罗地网，企图将所有格斗家一网打尽。正义与邪恶之间的激烈对决一触即发。
