《弹丸论破3（未来篇）》的故事发生在“超高校级的绝望”引发“人类史上最大最恶的绝望事件”之后。世界濒临崩溃，为了拯救这个被绝望笼罩的世界，原希望峰学园的校长、师生等人共同组建了“未来机关”。曾经击败江之岛盾子的苗木诚等78期生，也成为其中的一员，并持续投身于世界复兴的行动之中。
然而，苗木诚却因被指控庇护“绝望的残党”而受到未来机关众人的怀疑。就在众人聚集起来准备对苗木进行处分时，他们突然遭到黑白熊监禁，并被迫参加一场“最后的自相残杀”。所有人的手臂都被戴上了奇异的手环，经过一定时间后便会被投放安眠药。与此同时，人群之中还隐藏着一名背叛者，肩负着杀掉未来……
