《太太是魔法少女》的故事发生在一座保留着古老街景、四周自然环境优美的地方城市。表面上，这里只是普通的城市，实际上，它还有另一个名字——“Wonderland”，而维系这片土地存在的，正是来自魔法世界利尔姆的管理者“魔法少女”。
作为管理者，魔法少女拥有创造新世界的特权。然而，现任管理者阿妮耶丝·贝尔，也就是浅羽嬉子，却不愿轻易改变一切。她选择继承母亲留下的“旧世界”，继续守护着这座城市。
魔法少女一旦爱上某个人并与其接吻，就会失去魔法力量。为了在27岁时仍保持魔法少女的身份，嬉子拒绝与丈夫浅羽保接吻，两人也因此产生隔阂，最终分居生活。
主人公神乐巽原本是大学田径部的一员，却因受伤而不得不开始求职，并搬到嬉子家中寄宿。就在这段时期，来自魔法世界的少女库鲁洁，也就是红沙也加，作为新任管理者的候选人来到了这里。
