《浪客剑心：京都大火篇》的故事发生在明治时代。曾经被称为“刽子手拔刀斋”的绯村剑心（佐藤健 饰），如今已逐渐适应神谷道场平静的生活。然而，倒幕战争时期的旧友、被誉为“维新三杰”之一的大久保利通（宫泽和史 饰）突然找上门来，请求他再次出手。
原来，接替剑心成为刽子手的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年遭到新政府背叛，侥幸存活后，正暗中策划征服日本的可怕计划。大久保遇害后，认为自己肩负着无法推卸的责任，剑心独自踏上前往京都的旅途。途中，他结识了京都女忍者卷町操（土屋太凤 饰），并在新月村首次与志志雄正面遭遇。
与此同时，相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗 饰）以及斋藤一（江口洋介 饰）也陆续赶往京都。风雨欲来的时代背景下，一场足以席卷全国的巨大风暴正在悄然酝酿。本片改编自和月伸宏创作的经典漫画。
